دانلود مقاله ISI پذیرفته مقاله
اختصاصی از یارا فایل دانلود مقاله ISI پذیرفته مقاله دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .
موضوع فارسی :پذیرفته مقاله
موضوع انگلیسی :Accepted Manuscript
تعداد صفحه :37
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2016
زبان مقاله : انگلیسی
ما استدلال می کنند که یک شبکه شش ضلعی با گره های میانی را ساده یک جایگزین قوی برای درختان ساعت بافر است
معمولا برای توزیع ساعت در مدارهای VLSI، پردازنده های چند هسته ای، و برنامه های کاربردی دیگر که نیاز به استفاده
هماهنگ سازی دقیق: شبکه سحر و جادو ما بیزانس تحمل پذیر خطا، خود تثبیت، و یکپارچه است
ادغام با منابع چندگانه ساعت هماهنگ، همانطور که در سطح جهانی همزمان چند همزمان استفاده
به صورت محلی آسنکرون (GALS) معماری. علاوه بر این، HEX را تضمین چوله ساعت کوچک بین همسایگان
حتی برای تاخیر سیم است که فقط به طور متوسط و متعادل کننده شده. ما با ارائه هر دو تجزیه و تحلیل نظری
چوله و شبیه سازی نتایج بدترین حالت که نشان دادن انحراف بسیار کوچک به طور متوسط.
دانلود مقاله ISI شبیه سازی دینامیک مولکولی غشاء بیولوژیکی و پروتئین های غشای با استفاده از ساختاری افزایش یافته الگوریتم نمونه
اختصاصی از یارا فایل دانلود مقاله ISI شبیه سازی دینامیک مولکولی غشاء بیولوژیکی و پروتئین های غشای با استفاده از ساختاری افزایش یافته الگوریتم نمونه دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .
موضوع فارسی :شبیه سازی دینامیک مولکولی غشاء بیولوژیکی و
پروتئین های غشای با استفاده از ساختاری افزایش یافته
الگوریتم نمونه
موضوع انگلیسی :Molecular dynamics simulations of biological membranes and
membrane proteins using enhanced conformational
sampling algorithms
تعداد صفحه :17
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2016
زبان مقاله : انگلیسی
در این مقاله روش های مختلف نمونه گیری تایید افزایش یافته و صریح و روشن / حلال ضمنی / غشاء
مدل، مدل ها و همچنین برنامه های اخیر خود را به کاوش در ساختار و دینامیک غشاء و
پروتئین های غشای. شبیه سازی دینامیک مولکولی تبدیل به یک ابزار ضروری برای بررسی بیولوژیکی
مشکلات و موفقیت خود را متکی بر مدل های مولکولی مناسب همراه با نمونه برداری ساختاری کارآمد
مواد و روش ها. نمایندگی ضمنی از محیط حلال / غشاء تقریب منطقی به صریح و روشن است
مدل های تمام اتم، با توجه به تعادل بین هزینه های محاسباتی و دقت شبیه سازی. ضمنی
مدل را می توان به راحتی با ماکت تبادل روش دینامیک مولکولی ترکیب به کشف یک ساختاری گسترده تر
فضا از یک پروتئین است. سایر مدل مولکولی و روش های نمونه گیری ساختاری پیشرفته نیز
خلاصه مورد بحث. به عنوان نمونه های نرم افزار، مطالعات شبیه سازی اخیر glycophorin معرفی می کنیم، phospholamban،
پروتئین آمیلوئید، و دو لایه لیپیدی مخلوط و بحث در مورد دقت و بهره وری هر یک از شبیه سازی
مدل و روش. پروتئین غشایی: این مقاله بخشی از یک موضوع خاص تحت عنوان است. ویراستاران مهمان: J.C.
Gumbart و سرگئی نوسکوف.
دانلود مقاله ISI تمایز الگوریتم الحاقی GPU شتاب
اختصاصی از یارا فایل دانلود مقاله ISI تمایز الگوریتم الحاقی GPU شتاب دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .
موضوع فارسی :تمایز الگوریتم الحاقی GPU شتاب
موضوع انگلیسی :GPU-accelerated adjoint algorithmic differentiation
تعداد صفحه :12
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2016
زبان مقاله : انگلیسی
چکیده
بسیاری از مسائل علمی مانند آموزش طبقه بندی و یا بازسازی تصاویر پزشکی را می توان بیان
به عنوان حداقل رساندن مشتقپذیر توابع هزینه واقعی ارزش و حل مبتنی بر گرادیان تکراری
مواد و روش ها. الحاقی تمایز الگوریتم (AAD) را قادر می سازد محاسبه شیب چنین خودکار
توابع هزینه به عنوان برنامه های کامپیوتری اجرا شده است. به backpropagate مشتقات الحاقی، بیش از حد
حافظه به طور بالقوه مورد نیاز برای ذخیره مشتقات جزئی میانی در یک ساختار داده اختصاص داده شده،
به عنوان '' نوار '' نامیده می شود. موازی مشکل است زیرا موضوعات نیاز به همگام سازی دسترسی خود
در طول مداخله و پس انتشار خطا. این وضعیت برای معماری بسیاری از هسته تشدید، مانند
واحد پردازش گرافیکی (GPU ها)، به دلیل تعداد زیادی از موضوعات سبک وزن و محدود
اندازه حافظه به طور کلی و همچنین هر موضوع. ما نشان دهد که چگونه این محدودیت ها می توان اگر واسطه
تابع هزینه است با استفاده از عملیات بردار و ماتریس GPU شتاب که به رسمیت شناخته شده بیان
توابع به عنوان ذاتی توسط نرم افزار AAD ما است. ما این رویکرد در مقایسه با ساده و بی تکلف و برداری
پیاده سازی شده برای پردازنده است. ما با استفاده از چهار توابع هزینه به طور فزاینده پیچیده برای ارزیابی عملکرد
با توجه به مصرف حافظه و زمان انجام محاسبات شیب. با استفاده از vectorization، CPU و GPU
مصرف حافظه می تواند قابل ملاحظه نسبت به اجرای ساده و بی تکلف مرجع کاهش می یابد، در
برخی از موارد حتی منظور از پیچیدگی است. vectorization استفاده از اجازه از کتابخانه های موازی، بهینه
در طول جلو و عقب پاس که در تند بالا برای نسخه CPU برداری منجر
نسبت به اجرای مرجع ساده و بی تکلف. نسخه GPU به دست آورد تسریع اضافی از
7.5 ± 4.4، نشان دادن که قدرت پردازش GPU های را می توان برای AAD استفاده از این مفهوم استفاده شده است.
علاوه بر این، ما نشان می دهد که چگونه این نرم افزار می توان به طور سیستماتیک برای مشکلات پیچیده تر گسترش
مانند بازسازی جذب غیرخطی توموگرافی-فلورسانس واسطه
دانلود مقاله ISI مقیاس نانو، ولتاژ محور برنامه از مواد فعال زیستی به داخل سلول های با توپوگرافی سازمان یافته
اختصاصی از یارا فایل دانلود مقاله ISI مقیاس نانو، ولتاژ محور برنامه از مواد فعال زیستی به داخل سلول های با توپوگرافی سازمان یافته دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .
موضوع فارسی :مقیاس نانو، ولتاژ محور برنامه از مواد فعال زیستی به داخل سلول های
با توپوگرافی سازمان یافته
موضوع انگلیسی :
تعداد صفحه :
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :
زبان مقاله : انگلیسی
با اسکن یون میکروسکوپ هدایت (SICM)، یک تکنیک پروب اسکن بدون تماس، این امکان وجود هر دو است به
به دست آوردن اطلاعات در مورد توپوگرافی سطح سلول های زنده و به درخواست مولکول بر روی ساختارهای نانومقیاس خاص.
تکنیک بنابراین به طور گسترده ای استفاده می شود به درخواست ترکیبات شیمیایی و به مطالعه خواص مولکول در سطح
انواع سلول های مختلف. سلول های عضله قلب، به عنوان مثال، قلب، دارای یک بسیار استادانه درست شده، توپوگرافی سطح منحصر به فرد
از جمله عرضی-توبول (T-توبول) دهانه منجر به یک سیستم داخلی همراه است که به طور انحصاری بنادر پروتئین های بسیاری لازم
برای عملکرد فیزیولوژیکی سلول است. در اینجا، ما ایزوپروتونول به این دهانه سطح با تغییر کاربردی اعمال
ولتاژ در nanopipette بیمار. برای تعیین درجه دقت برنامه ما ما استفاده می شود محدود عنصر شبیه سازی
به منظور بررسی نحوه نمایش نمایه غلظت بیش از سطح سلول متفاوت است. ما برای اولین بار اسکن توپوگرافی قلب به دست آمده
با استفاده از SICM و سپس تعیین تحرک الکتروفورتیک از ایزوپروتونول در یک محلول یونی بالا می شود؟ 7؟ 10. 9 M2 / V است.
این شبیه سازی ها نشان داد که تحویل به باز کردن T-توبول بسیار به زمینه ای Z-شیار محدود، و به خصوص به
اولین باز T-توبول، که در آن غلظت است ~ 6.5 برابر بیشتر نسبت به روی یک سطح صاف در زیر تحویل در همان
تنظیمات. تحویل به تاج، به جای باز کردن T-توبول، منجر به یک غلظت بسیار پایین تر، با تاکید بر اهمیت
توپوگرافی در تحویل آگونیست. در نتیجه، SICM، بر خلاف روش های دیگر، می تواند قابل اعتماد ارائه مقادیر دقیق
ترکیبات به T-لوله از قلب
دانلود مقاله ISI CryptoSite: گسترش Druggable پروتئوم توسط خواص و پیش بینی سایت اتصال مرموز
اختصاصی از یارا فایل دانلود مقاله ISI CryptoSite: گسترش Druggable پروتئوم توسط خواص و پیش بینی سایت اتصال مرموز دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .
موضوع فارسی :CryptoSite: گسترش Druggable
پروتئوم توسط خواص و پیش بینی
سایت اتصال مرموز
موضوع انگلیسی :CryptoSite: Expanding the Druggable
Proteome by Characterization and Prediction
of Cryptic Binding Sites
تعداد صفحه :11
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2016
زبان مقاله : انگلیسی
چکیده
بسیاری از پروتئین دارند مولکول کوچک اتصال جیب که می توان به راحتی در سازه های رایگان-لیگاند قابل تشخیص نیست.
این سایت مرموز نیاز به یک تغییر ساختاری به آن مشهود؛ بنابراین یک سایت مرموز می تواند
به عنوان یک سایت است که یک جیب به شکل در یک ساختار را Holo، اما نه در ساختار آپو تعریف شده است. از آنجا که بسیاری از پروتئین
به نظر می رسد فاقد جیب druggable، درک و با دقت شناسایی سایت های مرموز می تواند مجموعه ای گسترش
از اهداف مواد مخدر است. پیش از این، سایت های مرموز تجربی با مبتنی بر قطعه کشف لیگاند مشخص شد
و محاسباتی با طولانی پویایی شبیه سازی مولکولی و اتصال قطعه. در اینجا، ما در آغاز
ساخت مجموعه ای از ساختار تعریف جفت APO-را Holo با سایت های مرموز. بعد، ما جامع
توصیف سایت های مرموز از نظر توالی، ساختار آنها، و پویایی ویژگی های. ما که
سایت های مرموز تمایل به در تکامل به عنوان جیب سنتی الزام آور حفظ اما کمتر آبگریز هستند و
قابل انعطاف است. با تکیه بر این خصوصیات، ما با استفاده از یادگیری ماشین برای پیش بینی سایت های مرموز با نسبتا
دقت بالا (برای معیار ما، درست نرخ مثبت و نادرست هستند 73٪ و 29٪ بود).
پس از آن ما پیش بینی سایت های مرموز در کل پروتئوم انسان ساختاری مشخص (11،201 سازه،
پوشش 23٪ از تمام باقی مانده در پروتئوم). CryptoSite افزایش اندازه به طور بالقوه "druggable"
پروتئوم انسان از ~ 40٪ به ~ 78٪ از پروتئین های بیماری در ارتباط است. در نهایت، برای نشان دادن آب و برق از ما
رویکرد در عمل، ما به طور تجربی اعتبار یک سایت مرموز در پروتئین تیروزین فسفاتاز 1B با استفاده از یک
لیگاند کووالانسی و طیف سنجی NMR